El agua destilada es segura para el uso general, pero se deben tomar algunas precauciones: mantener el agua en envases bien sellados para evitar la contaminación, almacenar en un lugar fresco y seco, y evitar el contacto con materiales corrosivos. No es adecuada para consumo prolongado como única fuente de agua, ya que carece de minerales esenciales. Además, debe usarse con cuidado en dispositivos y equipos para evitar daños por ausencia de minerales en el agua.
El agua destilada se utiliza en una variedad de aplicaciones que requieren alta pureza, como en laboratorios para experimentos y análisis precisos, en la fabricación de productos farmacéuticos y cosméticos, en sistemas de refrigeración y baterías para evitar acumulación de minerales, y en equipos de precisión como planchas de vapor y humidificadores para prevenir la acumulación de depósitos. También se usa en la preparación de soluciones químicas y en procesos industriales donde la pureza del agua es crucial.